ReleMed en nog meer

Voor allen die PubMed een warm hart toedragen: er zijn ook: HubMed (voor RSS feeds), ReleMed (voor relevance ranking) en PubFocus (voor statistische analyses). Als onderstaand teveel is, gooi ik het er weer af, je kunt het dan als Word document bij mij opvragen.

PubMed, HubMed, ReleMed en PubFocus.

Naast PubMed, bestaan er ook HubMed, Relemed en PubFocus.Voor HubMed, zie: http://www.hubmed.org/ en voor een goede beschrijving, zie: http://www.eaa-knowledge.com/ojni/ni/9_2/hubmed.htm. HubMed is handig als je een RSS feed in wilt zetten: mijn ervaring is dat de hits 1 dag eerder komen dan bij PubMed. Het aantal hits is gelijk aan dat in PubMed. Als er geen samenvatting is staat de term doorgestreept: abstract. Voor Relemed, zie: http://www.relemed.com/. ReleMed presenteert het zoekresultaat d.m.v. relevance ranking. Het gebruikt het samen voorkomen van de zoektermen in dezelfde zin als surrogaat voor een verband tussen de zoektermen. Het is geintroduceerd begin 2007, zie het artikel: http://www.biomedcentral.com/1472-6947/7/1. Er is een helpfile: http://www.relemed.com/help.htm. De zoekresultaten bevatten niet alleen de hits uit PubMed, maar ook nog extra artikelen, dankzij uitgebreide “automatic term mapping” en een tekst-woord-zoekfunctie. B.v. als je zoekt op Marfan syndrome (dus zonder quotes) zoekt hij ook nog op synoniemen zoals (Marfan’s disease) OR (Marfan’s syndrome disorder) OR (MARFAN SYNDROME, TYPE I) OR (Marfan Syndrome) OR (Marfan’s Syndrome) OR (Marfans Syndrome) OR MFS OR MFS1, en op de MeSH term: Marfan syndrome.  Je kunt de regel openklappen “check the translations for query …..” Zoeken op termen tussen quotes geeft alleen resultaten met exact deze frase.PubFocus, zie: http://www.pubfocus.com/, verricht een statistische analyse op de zoekresultaten in Medline/PubMed, verrijkt met extra informatie, zoals een journal ranking en een voorwaarts citeren, analyse op tijdschrifttitel, alle auteurs, op eerste auteurs, en op PI  publications (principal investigators).Medline geeft weer andere aantallen, zie onder. 

 

Medline PubMed HubMed ReleMed PubFocus

Macaca mulatta

“Macaca mulatta”

Marfan syndrome

“Marfan syndrome”

Plagiar*

28051

28051

4337

4337

586

28295

28295

4352

4359a)

599

28295

28295

4354

4359

599

36405

29265

10975

4540

595

28295

28295

4354

4359

599

Krakatoa

Horn blowing

3

1

19

4

19

4

4

4

19

4

 a) de 5 artikelen bevatten Marfan Syndrome in het adresveldDe volgorde in ReleMed en in PubFocus verschilt. B.v. bij de laatste zoekvraag:
Relemed: 1.
Plagiarism, horn blowing, and the history of ideas. 2. Blowing our own horn. 3. The neurogeometry of pinwheels as a sub-Riemannian contact structure. 4. Acoustical behavior of brass player’s lips.
PubFocus: 3, 1, 4, 2. PubFocus heeft ook nog “or”, “not” en “only” functies. Gebruik je deze functies die naar de auteur staan is het duidelijk wat er mee bedoeld wordt, deze functies naast de titel is mij nog niet duidelijk.Marja MP

Thomson Scientific en Collexis gaan samenwerken

Tot mijn grote verbazing gaat Thomson een interface maken voor Web of Science, waar Collexis als motor achter zit. Dan vraag je je toch af of hen de nieuwe web interface wel goede bevallen is.

Nature’s visie op Science 2.0

Een powerpoint presentatie van een van de Web 2.0 medewerkers van Nature die gegeven werd tijdens een bijeenkomst van PhD studenten van de graduate school Biomemebranes.  Er zitten goede voorbeelden van Web 2.0 applicaties in de wetenschap. Nuttig voor de cursus die we willen opzetten.

Terugblik op het congres

Ik heb middels twee blogposts (hier en hier) geprobeerd  de reacties op  ons congres te verzamelen.  Kon helaas niet naar de post van Hugo op dit blog wijzen. Een complete lijst met reacties staat op del.icio.us.

Kan de WUR maar beter wachten?

De clou van het verhaal van Leo Waajers begon  op slide 16. Daar stond:

‘Imagine a call for proposals.

“Annually, WUR produces N articles in (sub) discipline Y. A consortium comprising WUR, the Ministry of Agriculture, FAO, NWO wants to tender the reviewing process for these articles under the following conditions: ………………” ‘

Het was een analogie met de nucleaire fysica, waar maar een beperkt aantal tijdschriften van belang zijn In dat vakgebied worden pogingen in het werk gesteld om de rol af te kopen die die tijdschriften spelen bij het poces van kwaliteitsborging. Ik weet wel dat dit soort ideeen bij Leo eerder gedachtenexperimenten zijn dan concrete zakelijke voorstellen, maar daarom wil ik het gedachtenexperiment voortzetten. Hoeveel tijdschriften zou je moeten afkopen om “het domein van Wageningen UR’ te kunnen bedienen? Of is dat domein inmiddels zo diffuus (Leo noemt (sub)discipline y, zouden er nog meer zijn?) dat dit voorstel niet zou werken voor WUR?

Ik ben wat huiverig voor vergelijkingen van andere disciplines met nucleaire fysica. Jarenlang werd er gezegd dat de hele wetenschappelijke communicatie het voorbeeld zou gaan volgen van het e-print archief van Los Alamos (ArXiv). Maar kennelijk werken dingen die voor nucleaire fysica werken niet automatisch voor andere vakgebieden.

Symposium Bibliotheek Delft, 3 april

Vandaag ons eigen congres, in april één van TUB Delft over social networking (http://www.library.tudelft.nl/consumption/groups/btudwebsite/documents/xmlcontribution/377372.pdf).

Ik ben een keer op zo’n congres geweest. Het was erg informatief en goed opgezet. Bovendien een goede gelegenheid om de bibliotheek eens te bekijken als je dat nog niet gedaan hebt!

Moeten de informatiespecialisten beter bereikbaar zijn

In Leiden hebbe ze jarenlang de vakreferetnen achter glas gehad. Aquaria of terraria zo U wilt. Sinds kort zijn ze bevrijd, en daar lijken ze blij ee te zijn. Zullen wij voor het Forum ook maar een verbouwverzoek indienen?